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中國(guó)科學(xué)院海洋研究所發(fā)表深海冷泉尾腔綱貝類高質(zhì)量染色體水平基因組
近日，中國(guó)科學(xué)院海洋研究所在深海冷泉貝類尾腔綱生物基因組學(xué)研究方面取得新進(jìn)展，發(fā)表首個(gè)尾腔綱貝類高質(zhì)量染色體水平參考基因組，相關(guān)研究成果在國(guó)際數(shù)據(jù)集期刊Scientific Data（Q1，IF5year=10.8）發(fā)表。成果發(fā)表后迅速引起了國(guó)內(nèi)外廣泛關(guān)注。Nature?旗下生命科學(xué)研究論壇Nature Research Life Sciences Community?邀請(qǐng)撰寫(xiě)研究背后的故事“Behind the Paper” (https://communities.springernature.com/posts/decoding-the-genome-of-a-cold-seep-aplacophoran-mollusc-chaetoderma-sp).
尾腔綱也被稱為毛皮貝，是軟體動(dòng)物門(mén)中一支早期分化物種，多發(fā)現(xiàn)于深海，是目前研究較少的貝類之一。尾腔綱生物演化地位特殊，且具有顯著不同于常見(jiàn)貝類的形態(tài)特征，身體呈細(xì)長(zhǎng)的蠕蟲(chóng)狀，體表無(wú)殼，覆蓋有角質(zhì)層和細(xì)小的骨針。但是由于基因組數(shù)據(jù)的缺乏，研究人員對(duì)尾腔綱貝類分子演化及其特殊環(huán)境適應(yīng)性所知甚少。研究人員于2020-2022年期間，在中國(guó)南海F冷泉和海馬冷泉采集到尾腔綱樣本，并基于線粒體基因組進(jìn)行了初步物種鑒定。隨后，利用Illumina測(cè)序、 PacBio測(cè)序和Hi-C輔助基因組組裝技術(shù)，組裝得到尾腔綱生物高質(zhì)量染色體水平基因組。尾腔綱生物基因組大小為2.45Gb，contig N50長(zhǎng)度為1.06Mb, scaffold N50為141.46Mb, 掛載到17條染色體上，注釋到23,675個(gè)蛋白編碼基因。尾腔綱高質(zhì)量染色體水平基因組的發(fā)布，對(duì)研究貝類殼的演化以及深海冷泉生物環(huán)境適應(yīng)具有重要的意義。
尾腔綱染色體水平基因組特征
本項(xiàng)目由開(kāi)放室張琳琳、深海中心王敏曉和分類室張均龍三個(gè)團(tuán)隊(duì)共同合作完成，中國(guó)科學(xué)院海洋研究所開(kāi)放室博士生王月、深海中心研究員王敏曉為論文第一作者，張琳琳研究員為論文通訊作者。本研究得到了青島海洋科學(xué)與技術(shù)試點(diǎn)國(guó)家實(shí)驗(yàn)室山東省專項(xiàng)經(jīng)費(fèi)、中國(guó)科學(xué)院B類戰(zhàn)略先導(dǎo)科技專項(xiàng)、國(guó)家自然科學(xué)基金、中國(guó)科學(xué)院A類戰(zhàn)略先導(dǎo)科技專項(xiàng)等項(xiàng)目資助。?
【論文鏈接】Yue Wang#, Minxiao Wang#, Jie Li, Junlong Zhang, Linlin Zhang*. A chromosome-level genome assembly of a deep-sea symbiotic Aplacophora mollusc Chaetoderma sp. Scientific Data, 2024, 11:133. https://doi.org/10.1038/s41597-024-02940-x
來(lái)源：實(shí)驗(yàn)海洋生物學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室
