蛋白質結構分析小幫手-島津蛋白測序儀PPSQ-51A/53A梯度系列
在生物體內包含有各種功能的蛋白質，這些蛋白質經過處理后成為成熟蛋白質并被釋放到細胞外，它們在相互作用下可能會導致疾病。為了了解這些疾病的病因、并在疾病的預防、診斷、治療及藥物開發研究等方面取得進展，鑒定微量樣品氨基酸序列的蛋白質鑒定分析工作就變得越來越重要。
蛋白質N-端的序列組成對于蛋白質整體的生物學功能有著巨大的影響力。對蛋白N-端測序中常用Edman降解法，其基本原理包括三個主要的化學步驟：①異硫氰酸苯脂與蛋白質和多肽的N-端殘基的偶聯、②苯氨基硫甲酰酞（PTC-肽）環化裂解、③噻唑呤酮苯氨（ATZ）轉化為苯異硫尿氨基酸（PTH-氨基酸），每個循環從蛋白質與多肽裂解出一個氨基酸殘基，同時暴露出新的游離的氨基酸進行下一個Edman降解，最后通過轉移的PTH-氨基酸鑒定實現蛋白質序列的測定。此原理設計出的自動分析儀進行分析時，能夠可靠地測定肽鏈的30個左右氨基酸殘基序列，最多可以分析50-60個氨基酸殘基。
島津最新款蛋白測序儀PPSQ-51A/53A梯度系列以Edman降解法為基礎，將蛋白質N-端順次切斷進行序列分析，產品具有靈敏度高、等度洗脫、簡便數據處理（差減色譜圖）、符合FDA 21 CFR part11規定、自動生成報告、長序列分析等特點，可以實現更靈敏、更可靠的蛋白質N-端端氨基酸序列分析，能夠滿足用戶對微量樣品氨基酸序列的蛋白質鑒定分析的各種需求。
【應用案例】
PPSQ-51A/53A梯度系列在進行微量蛋白分析中的應用
★ Calmodulin的氨基酸序列分析
使用島津蛋白測序儀PPSQ-51A/53A梯度系列，在下述的分析條件（表1）下對500 fmol的PTH-氨基酸標準品進行分析與矯正，從結果（圖1）可以得出該產品滿足進行微量PTH-氨基酸混合溶液的檢測要求。
將Calmodulin（Merck cat#C4874）溶解于0.1%三氟乙酸水溶液中，調制濃度為1 pmol/μL的樣品溶液。在經過聚凝胺處理的玻璃纖維盤中添加2μL的樣品溶液，進行氨基酸序列分析。
各循環色譜圖（圖2）所示，其中第1個循環的色譜圖作為原始色譜圖，之后循環的色譜圖使用差減色譜圖表示。所有的30個循環內，我們都能夠檢測到PTH-氨基酸并鑒定氨基酸序列，并且結果與理論序列一致。
圖2 Calmodulin氨基酸序列分析的色譜圖
【結論】
島津最新款蛋白測序儀PPSQ-51A/53A梯度系列在蛋白質的N末端部氨基酸序列分析中，即使是微量樣品情況下，也可以完成氨基酸序列鑒定工作。其在無數據庫支持情況下，也可完成微量樣品的蛋白質結構分析，是蛋白質的氨基酸序列分析工作中的重要工具。
①高靈敏度分析：高靈敏度的流通池可實現PTH氨基酸的高靈敏度檢測，從而達到微量樣品的序列分析。
②分析穩定性：該系統配備了高性能檢測器和溶劑輸送泵，具有很高的分析穩定性，即使在微流量范圍內，也能提供出色的泵送性能，進而確保分析的高穩定性。
③簡單方便的數據分析：使用蛋白質測序儀的專用軟件可方便地進行序列分析所需色譜圖的后期處理、多個色譜圖的疊加以及氨基酸序列的自動推測。
④符合FDA21 CFR Part 11規定：與LabSolutions DB/CS共同使用時符合FDA 21 CFR Part 11與PIC/S GMP指南中的要求
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